극장판 선배는 남자아이: 비 온 뒤 맑음

마코토와 사키, 그리고 류지가 만난 지 어느덧 1년. 각자 자신의 고민과 마주하며 조금씩 변해 가는 가운데, 세 사람은 봄방학을 맞이한다.
마코토는 사키를 의식하기 시작하고, 사키는 아빠를 만나기 위해 하와이를 찾는다. 아빠와 둘만의 시간을 보내며, 하와이를 만끽하는 사키. 그런데 갑자기 아빠가 같이 살지 않겠냐는 제안을 한다. 아빠를 선택해야 할까, 엄마를 선택해야 할까. 자신을 ‘특별’하게 생각하는 사람은 누구일까. ‘특별함’이란 무엇일까.
사키가 그런 생각에 빠져 있는 동안, 3학년이 된 마코토와 류지도 각자의 진로를 향한 선택을 해 나간다.
세 사람이 어떤 결정을 내릴 것인가...